作为国民党臭名昭著的特务组织，中统和军统从性质上没什么区别，但是从职权范围上来看，前期的中统地位是高于军统的。

　　中统由国民党组织部控制，主要职能是负责监控国民党的机关内部事务(中国国民党中央执行委员会调查统计局)，并且掌控中国当时的社会舆论以及进步思想言论的特务机构，而且还有打击一切反对国民党腐朽统治的民主党派和进步力量的功能。

　　顾名思义，军统是负责国民党军、宪，警内部事务的机构(国民政府军事委员会调查统计局)，主要职能是负责整治和监视军队的方方面面，而且负责刺探和收集对外方面的各类情报，尤其以逮捕暗杀著称。由于双方的职能和领域不同，前期的中统权力是高于军统的。 抗日战争后期，中统内部许多派系因为争权夺利，导致办事能力下降，贪污腐化严重，被军统局戴笠通过“三大案”搞垮，军统的权力超越了中统。

　　中统和军统的权力变化是在战争爆发以后，而且与国民党内部的权力斗争有关，但是最重要的是与蒋介石的态度有关，在名义上，中统的指挥权在蒋介石手里，但是实际人事权力控制在陈立夫、陈果夫为代表的CC系势力的手里。而军统局的戴笠是完全听命与蒋介石忠，就是“秉承领袖意旨，体验领袖苦心”，所以蒋介石肯定会给军统更大的权力，压制中统。

　　中统虽然成立的早，但是内部关系比军统复杂，军统存在的时间长，而且后期的权力在中统之上，以至于国民党内部以及民间感受，害怕军统远超过中统。在蒋介石的制衡手段下，中统和军统从成立到国民党败退台湾，在相互配合与监督拆台中纷争不断。

　　中统实际控股人是陈陈，军统实际控股人是娘希匹，所以说军统后越来越结棍。